Eberhard Renner studierte Physik an der Universität Leipzig und promovierte dort 1973. 1988 habilitierte er sich auf dem Gebiet der Atmosphärenchemie.
Von 1973 - 1990 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Forschungsstelle für chemische Toxikologie der Akademie der Wissenschaften der DDR in Leipzig.
1990 und 1991 war er Stellvertreter des Direktors dieser Einrichtung. Hauptarbeitsgebiete in dieser Zeit: Mathematische Modellierung atmosphärisch-chemischer Prozesse; Untersuchung des Ausbreitungs-, Ablagerungs- und Umwandlungsverhaltens von Luftbeimengungen insbesondere von Säurebildnern und Photooxidantien; ökotoxikologische Studien vor allem im Hinblick auf die Waldschadensproblematik; Schadstoffanalytik und Geräteentwicklung.
Seit Gründung des Instituts für Troposphärenforschung ist er Leiter der Abteilung Modellierung und geschäftsmäßiger Vertreter des Direktors, seit 1993 gleichzeitig Professor am Institut für Meteorologie der Universität Leipzig.